合伙企業是一種常見的經濟組織形式。其生產經營收入和其他收入在納稅方面具有特殊性，需要遵循“先分后稅”原則上，按分配比例分配給每個合伙人，確定其應納稅所得額。
《財政部.國家稅務總局關于合伙企業合伙人所得稅的通知(財稅〔2008〕(以下簡稱)“文件”）就“先分后稅”具體規定了原則。
一.合伙企業的納稅人
文件第二條規定：
合伙企業以每個合伙人為納稅人。合伙企業的合伙人是自然人，繳納個人所得稅；合伙人是法人和其他組織，應當繳納企業所得稅。
解析：
合伙企業本身不是納稅營收入和其他收入，合伙企業本身不是納稅人，其合伙人是納稅人。合伙人需要根據自企業所得稅，這也是“先分后稅”的原理。
二.“先分后稅”的原則
文件第三條規定：
合伙企業的生產經營收入和其他收入“先分后稅”原則。應納稅所得額的具體計算，按照《個人獨資企業和合伙企業投資者個人所得稅征收規定》(財稅〔2000〕財政部、國家稅務總局關于調整個人獨資企業和合伙企業個人所得稅扣除標準的通知(財稅〔2008〕65號)有關規定的執行。前款所稱生產經營收入和其他收入，包括合伙企業分配給所有合伙人的收入和當年企業保留的收入(利潤)。
解析：
文件明確指出，生產經營收入和其他收入，包括合伙企業分配給所有合伙人的收入和企業當年保留的收入（利潤），即合伙企業當年保留的收入（利潤），即使未分配給合伙人，也應計算生產經營收入和其他收入，合伙人還應繳納個人所得稅或企業所得稅。無論是否分配，算。
財稅〔2008〕65號主要用于財稅〔2000〕修改了91號的相關規定，財稅做了修改。〔2000〕91號對合伙企業生產經營收入的計算作了具體規定，這里就不贅述了。但是，如果合伙人是自然人，需要提醒其個人所得稅的計算。
根據財稅〔2000〕第91號第4條規定，合伙企業每個納稅年度的總收入減去成本.與個人所得稅法相比，成本和損失后的余額作為投資者的個人生產經營收入“生產個體工商戶經營收入”對于應稅項目，適用5%-35%的五級超額累進稅率，計算征收個人所得稅。然而，現行的個人所得稅法已經將個人所得稅納入了原來的個人所得稅法“生產個體工商戶.經營所得”修改為“經營所得”因此，根據現行個人所得稅法，“經營所得”5%-35%的五級超額累進稅率適用于應稅項目。
《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》第十五條規定，取得營業收入的個人在計算每個納稅年度的應納稅所得額時，應當扣除6萬元.專項扣除.依法確定的特殊附加扣除和其他扣除。在辦理最終結算時，應當扣除特別附加扣除。因此，在計算個人所得稅時，取得營業收入的個人沒有綜合收入的，在計算每個納稅年度的應納稅所得額時，可以扣除6萬元.專項扣除.依法確定的專項附加扣除和其他扣除。
三.確定合伙人應納稅所得額的原則
文件第四條規定：
合伙企業的合伙人應當按照下列原則確定應納稅所得額：
(一)合伙企業的合伙人應當按照合伙協議約定的分配比例，確定合伙企業的生產經營所得和其他所得。
(二)合伙協議未約定或者約定不明確的，應納稅所得額應當按照合伙人協商決定的分配比例確定。
(三)協商不成的，按照合伙人實繳出資比例，按照全部生產經營收入和其他收入確定應納稅所得額。
(四)不能確定出資比例的，每個合伙人的應納稅所得額按照合伙人人數平均計算。
合伙協議不同意將全部利潤分配給部分合伙人。
解析：
合伙人的應納稅所得額按照合伙企業的生產經營收入和其他收入的一定比例分配。分配比例的確定有優先權。也就是說，分配比例首先取決于合伙協議。如果合伙協議中有約定，則應按照約定的比例進行分配；合伙協議未約定或者約定不明確的，由合伙人協商確定分配比例；協商不成的，按照合伙人實繳出資比例確定；如果無法確定出資比例，則應根據合伙人的平均數量計算每個合伙人；特別是，合伙協議不同意將所有利潤分配給部分合伙人。
四.明確彌補損失的問題
第五條規定：
合伙企業的合伙人是法人和其他組織，合伙人在計算其繳納企業所得稅時，不得用合伙企業的損失來抵消其利潤。
解析：
財稅〔2000〕第91號第14條規定，合伙企業的年度損失可以用企業下一年的生產經營收入來彌補。下一年度收入不足的，可以逐年彌補，但最長不得超過5年。投資者設立兩個以上企業的，不能彌補企業年度經營損失。
因此，如果合伙企業遭受損失，其損失不能按比例分配給合伙人，只能用合伙企業未來一年的營業收入來彌補。如果合伙人是自然人，當然不需要繳納個人所得稅；如果合伙人是法人和其他組織，則不得使用合伙企業的損失來抵消其利潤。
五.案例分析
一個合伙企業有兩個合伙人，其中一個是A有限公司，另一個是自然人李明。2019年，合伙企業生產經營總收入600萬元(假設沒有調整項目)，無其他收入。根據合伙協議，A公司的分配比例為40%，張三的分配比例為60%。
其他資料：
A公司2018年應納稅所得額為300萬元(不含合伙企業分配所得)，企業所得稅率為25%。李明沒有其他營業收入和綜合收入，假設其年度專項扣除和專項附加扣除總額為5萬元，沒有其他扣除。
1.確認營業收入和其他收入
經合伙人同意，當年分配的收入為200萬元，留存的收入為400萬元。
生產經營收入和其他收入，包括分配給合伙人的200萬元收入和400萬元的保留收入，共計600萬元。
如果經合伙人協商同意，當年不進行分配，則當年保留收入為600萬元，則：
企業當年留存的生產經營收入和其他收入為600萬元。
簡而言之，無論合伙企業的生產經營收入是否分配，未分配部分的保留均應計入所得。
2.計算合伙人的應納稅所得額
(1)甲公司為法人企業，應繳納企業所得稅，計算如下:
公司分配收入=600×40%=240萬元
甲公司當年應納稅所得額=300+240=540萬元
甲公司應繳納企業所得稅=540×25%=135萬元
(2)李明為自然人個人，應繳納個人所得，計算如下：
李明分配收入=600×60%=360萬元
根據個人所得稅法，李明分配個人收入360萬元“經營所得”5%-35%的五級超額累進稅率適用于應稅項目。如果李明沒有綜合收入和其他收入，其分配收入為360萬元，應扣除6萬元.專項扣除和專項附加扣除50000元后，按5%-35%的5級超額累進稅率計算繳納個人所得稅。扣除后，適用35%的稅率。
李明應繳納個人所得稅=（3600000-60000-50000）×35%-65500=1156000元